Circunstancias especiales

a) Efecto Wahlund
Si bien el ideal es una población uniforme, a menudo se dan conjuntos de poblaciones más o menos aisladas, que pueden ser consideradas subpoblaciones del conjunto mayor y que presentan diferentes frecuencias génicas. En esos casos, las poblaciones individuales pueden estar en equilibrio, pero las frecuencias genotípicas de la población en su conjunto no corresponderán a las frecuencias esperadas para equilibrio de Hardy-Weinberg en una población uniforme. Las frecuencias observadas mostrarán exceso de homocigotas y menos heterocigotas que lo esperado. El exceso de homocigotas en poblaciones subdivididas o subestructuradas es conocido como el efecto Wahlund.

b) Desequilibrio de ligamiento
El desequilibrio de ligamiento es un caso particular de desequilibrio gamético que involucra loci diferentes en el mismo cromosoma. El ligamiento es la tendencia que tienen dos genes situados en al mismo cromosoma a segregar juntos. Esta tendencia se incrementa cuando dos genes están muy próximos entre sí, con lo que desciende la probabilidad de recombinación.
De modo que estando dos genes próximos en un mismo cromosoma, la probabilidad de heredar en bloque los alelos provenientes de los gametos paterno y materno aumenta. Como resultado medible hay un desequilibrio en las frecuencias alélicas respecto a lo esperado por la ley de Hardy-Weinberg. Los genes ligados requieren más de una ronda de apareamiento al azar para alcanzar frecuencias consistentes con el equilibrio de Hardy-Weinberg. El grado de variación de generación a generación está relacionado con la frecuencia de recombinación; ergo, cuanto más próximos están dos genes más tardarán en alcanzar el equilibrio (Cabe destacar que una población se acerca indefinidamente al equilibrio para dos loci, sin alcanzarlo nunca).
Los genes ligados también pueden evidenciar un fenómeno llamado hitch-hiking genético, consistente en una correlación genética basada en el ligamiento. Se basa en que un alelo más o menos neutral selectivamente puede pasar de generación en generación en virtud de estar ligado con un alelo en otro locus que presenta una ventaja selectiva.

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